Занимается исследованиями в области психолого-педагогического обеспечения учебного процесса и совершенствования филологической подготовки будущего учителя начальных классов. Опубликовала более 500 научных работ, в том числе статьи в журналах, рекомендованных ВАК. Ею изданы учебно-методических издания, монографии и главы в коллективных монографиях, статьи в журналах Web of Science, SCOPUS. Выступает ответственным и научным редактором, рецензентом учебных пособий, монографий, авторефератов и диссертаций на соискание ученой степени по педагогике. Является членом редколлегии международного периодического журнала «Научные труды SWorld», Е-Журнала, электронного научного журнала «Вестник Оренбургского государственного педагогического, журнала «Образовательный вестник «Сознание».
Руководит научно-исследовательской работой студентов, магистрантов и аспирантов. Студенческие, аспирантские научные работы, выполненные под ее руководством, были опубликованы в сборниках материалов внутривузовских, всероссийских и международных конференций. С целью активизации научно-исследовательской деятельности студентов Фатыховой А.Л. осуществляется межвузовское сотрудничество с вузами таких городов, как Волгоград, Казань, Москва, Оренбург, Рязань, Санкт-Петербург, Ульяновск, Уфа, Элиста.