Имеет свыше 180 научных трудов (среди которых - 8 монографий и 4 учебных пособия), опубликованных в России и за рубежом. Статьи И. М. Синагатуллина были опубликованы в центральных журналах России, таких как «Педагогика», «Народное образование», «Педагогическое образование и наука», «Иностранные языки в школе», «Социологические исследования», «Русский язык за рубежом», «Филологические науки», а также в зарубежных журналах «Multicultural Perspectives», «Multicultural Education», «International Journal of Educational Reform», «Teacher Education and Practice», «Scholar Practitioner Quarterly», «PDK Today (США)»; «Educational Review» (Великобритания). Его активная научная деятельность способствует укреплению имиджа педагогической науки в Республике Башкортостан, в России и за ее пределами.
Привлекает к активной научно-практической деятельности студентов, которые под его руководством выступают на научно-практических конференциях, готовят и публикуют научные труды в республиканских и российских изданиях. Регулярно организует и проводит научно-практические конференции для учителей Республики Башкортостан. Синагатуллин И.М. считает, что, «не зная школы, педагогу трудно преподавать в вузе».